2003年，香港特区政府克服“非典”带来的不利影响，在面临财政赤字的压力下，仍然延续了支持发展教育事业政策。董建华特首在2003年度施政报告中指出，政府将“完善已经初见成效的各项教育改革，善用教育资源，提升教育素质，鼓励终身学习和加强人才培训。”并重申，“尽管我们面对必须解决的财赤问题，但我们仍将坚持对教育的投资。”

　　据香港教育统筹局最新公布的统计数据显示，2002～2003财政年度，教育方面核准的政府经常开支和总开支分别达493亿元和594亿元，同占政府经常开支总额和政府开支总额的23.8%。学生总人数已超过120万名，其中包括14.3万名幼稚园学生、48.3万名小学生、46.5万名中学生和14.2万名大专学生。香港的中、小学及幼稚园约有2200所，其中1200所是公营学校。高等院校13所，其中8所为政府资助的全日制大学。

　　为进一步推进高等教育发展，特区政府采取了一系列措施：立法会财务委员会批准发放12.5亿元的免息贷款，供香港大学、香港理工大学、香港浸会大学、明爱教育机构在政府以象征式地价批出的土地上兴建校舍；还批准成立“十亿元等额补助金”，为大学教育资助委员会资助的院校筹到私人捐款后，给予1：1的配套资金。财政司司长在2003～2004年度财政预算案演辞中又建议，把现行的慈善捐款免税上限，由应评税收入或利润的10%提高到25%。这些举措鼓励了社会各界捐助资源投资教育，减轻了政府的财政赤字压力，为香港高等教育开拓不同渠道的经费来源。7月1日，立法会又通过教育统筹局的建议，解除对大学薪酬的规管，授权八大院校自行决定是否把教职员薪酬与公务员脱钩，使院校在聘用雇员时有更大自主权，增强了香港高校在海外吸引优秀人才的竞争力。

　　此外，特区政府意识到大学学制要与国际接轨，便提出最快在三四年内推行大学学制由三年改为四年的构想。此举已得到香港8所公立大学的一致支持，对于具体如何实施，特区政府正在广泛征求各方面意见。

　　特区政府一贯注重推行“两文三语”（中英文，粤语、英语普通话）教育，并成立了专门的“香港语文教育及研究常务委员会”。该委员会于2003年6月发表了题为《提升香港语文水平行动方案》的检讨总结报告，对香港的语文教育提出一系列建议，包括：语文教育应为学生及在职人员制定语文能力指引，以反映社会及未来的需求和社会各界共同努力，营造一个更能推动语文学习的环境；语文教育应以提升语文教师的资历和改革语文课程教学法为重点。教育统筹局赞同语常会的建议，并承诺在未来五年内落实大部分建议。

　　2004年，香港经济保持了较快的增长势头。特区政府继续坚持大力投资于教育的政策，教育事业得到稳步发展。特区行政长官董建华在施政报告中指出：“香港的中小学教育改革，经过教育界不断努力，成果开始显现：教育制度变得更灵活与多元化，学生更愉快和有效地学习，教师队伍的质素及专业精神都有所提高。”

　　据香港教育统筹局最新公布的统计数据显示，2003至2004财政年度，教育方面核准的政府经常开支和总开支分别达467亿港元和577亿港元。就读为期一年或以上长期课程的全日制及兼读制的学生人数超过150万，其中包括136096名幼稚园学生、468792名小学生、470487名中学生和138865名大专及以上学生；香港的幼稚园有728所、小学有785所，中学有501所；根据《专上学院条例》注册的专上学院有2所；提供专上课程的私立学校有12所；大学教育资助委员会资助的院校有8所；此外，还有香港演艺学院和香港公开大学。

　　为掌握各方面对教育改革措施的意见，香港教育统筹局在2003年9月至2004年3月进行了多项调查。调查显示，香港社会普遍认同教改带来健康新气象，支持教改的理念及措施，但是也集中反映了国民教育不足的问题。鉴此，香港教统局加强了推行国民教育工作：通过不同科目来培养学生的国民身份认同，开发各种类型的学与教资源，丰富德育及公民教育网的内容，举办国民教育巡回展览，于9月开始在全港学校实施新修订的小学常识科的课程内，加设“国民身份认同与中华文化”学习范畴。

　　2004年10月，教育统筹局发表《改革高中及高等教育学制--对未来的投资》谘询文件，主要内容有：大学学制由现时3年该改为4年，中学由现时7年改为6年--初中3年、高中3年（简称“三三四”）；改革中学毕业考试和大学的招生机制，取消现时的中学5年后的会考和中学7年毕业后的高级考试，只在中学毕业后设一个“中学文凭考试”；大学根据学生的“中学文凭考试”成绩并参考学生中学学习历程档案、在校表现及面试等录取，适当地增加经非联招途径录取的学生的比例等。作为配合，高中课程也要进行改革，新课程包括：4门必修课即中国语文、英国语文、数学、通识教育，占总课时数45～55%；2门选修课（包括职业导向教育课程共20门选修课，职业导向课程可为不能上大学的中学毕业生提供就业选择），占总课时数20～30%；其他学习经历（包括德育及公民活动、社会服务、就业见习等）占总课时数15～35%。大学加强语文和通识教育，部分院校可让学生在大学二年级再选择主修科目。

　　随着出生人口骤减，香港的幼稚园和中小学因生源不足面临关闭的现象越来越多。中小学校之间的招生争日趋激烈。结合教育改革，各界对实行小班教学进行了积极研究。大学教育资助委员会就各大学2005～2008学年的拨款定案，大部分院校资源皆面对不同程度的削减。其中以香港教育学院削减幅度最大，将于2007～2008年度削去1/3经费。巨大的削幅引起教育界及大专院校的关注。此外，2004年7月，立法会通过《校本条例》并将于2005年生效，但是教育界对条例的有关争议并未停息。