2006年是国家“十一五”科技计划启动实施的第一年，学校获得两项973计划项目；在“十一五”的“863”计划生物和医药技术领域2006年度“干细胞与组织工程”等4个重大项目和“生物基化学品生物炼制技术”等9个重点项目中，学校有15项课题获得资助；在专题项目中有22项课题获得资助；获准国家“十一五”科技支撑计划重大、重点项目24项；获得国家自然科学基金项目98项，获资助经费达3382万元；获准2006年教育部“博士点专项科研基金”项目20项、2006年度教育部和人事部“回国人员科技活动启动基金”项目8项；获北京市教委重点学科、重点实验室共建项目支持经费90万元；获准北京市自然科学基金项目16项（其中重点项目1项）、北京市科技新星计划6项。截止至目前学校到位科研经费达4335万元。

　　在2006年，学校获得2006年度国家成果奖励4项；获得中华医学科技奖10项；获得2006年度教育部高等学校科学技术奖7项。

　　学校2005年度共发表科技论文1888篇，其中SCI收录论文数为406篇，比2004年度统计的结果（364篇）增长了11.15%。

　　在2006年3月科技部对生命科学国家重点实验室的考察评估中，学校的四个国家重点实验室均通过了评估。其中，医学分子生物学国家重点实验室被评为优秀重点实验室。

　　此外，学校积极组织有关专家和人员参与艾滋病、病毒性肝炎等重大传染病重大专项工作；成功主办了“第九届医药卫生青年科技论坛”和“2006年院校科学年会”。